برخی از مفسرین معتقدند که آیات جهاد گرچه به صورت مشروط آمده و مقید به صورت جنگ و مقابله با گسترش نفوذ اسلام است ولی این، مربوط به اوائل ظهور اسلام است، اما در اواخر بعثت که اسلام قدرتمند شد این آیات مشروط نسخ شده و با یک مهلت موقّت حکم جنگ به طور عموم با آنان صادر شده است؛ ولی این احتمال به دلایل متعددی صحیح نیست...

قرآن کریم در برخی از آیات، اجازه جنگ را در جهت دفاع از خود صادر نموده و می فرماید: «به کسانی که جنگ بر آنان تحمیل گردیده، اجازه جهاد داده شده است، چرا که مورد ستم قرار گرفته اند و خدا بر یاری آن ها تواناست. همان ها که از خانه و شهر خود به ناحق رانده شدند». همچنین می فرماید: «و در راه خدا، با کسانی که با شما می جنگند، نبرد کنید، و از حد تجاوز نکنید، که خدا تعدّی کنندگان را دوست نمی دارد».

بسیج در حقیقت بروز یک وظیفه دینی و ملی یک ملت برای دفاع از کیان خود است و از «ضرورت دفاع» سرچشمه می گیرد. «جهاد دفاعی» و «جهاد برای حمایت از مظلومان» بر همه مسلمانان در برابر هجوم دشمنان به كشورهاى اسلامى و مرزهاى آن واجب است. صدر اسلام نیز که پیامبر خدا(ص) سپاه منظم و حرفه ای نداشت، دفاع یک وظیفه همگانی بود و مردم در زمان جنگ برای دفاع از کیان اسلامی بسیج می شدند.

از نظر اسلام اصل و اساس بر صلح قرار گرفته، و جنگ بر خلاف اصل و يك استثنا است؛ زيرا جنگ خسارات و ضايعات جبران ناپذيرى دارد، كه آثار آن گاه تا صد سال ادامه دارد. به همين دليل اسلام به شدّت با جنگ مخالف بوده و طرفدار صلح است، و تا زمانى كه جنگ بر ما مسلمانان تحميل نشود پايبند به صلح هستيم، امّا اگر متجاوزى جنگ را بر ما تحميل كند كوتاه نمى آييم و مردانه مى جنگيم.

به اعتقاد برخى از محقّقان و انديشمندان همه جنگ‌هاى زمان پيامبر(ص) دفاعى بوده‌ نه ابتدائي. مثلاً در جنگ خيبر پيامبر(ص) قصد داشت پاسخ دندان‌شكنى به توطئه‌هاى يهوديان بدهد؛ چراكه آنجا كانون فساد و فتنه شده بود. فتح مكّه نيز براى متلاشى كردن كانون دشمنان اسلام و مشركان صورت گرفت و تازه براي تصرف مكّه جنگى رخ نداد و مشركان بدون درگيرى تسليم شدند. پس در صدر اسلام همه جنگ‌ها دفاعى بوده نه جهاد ابتدايى و آياتى از قرآن مؤيد اين مطلب است.

در قرآن آیات بسیاری در ارتباط با جهاد مطلق، و به تعبیری «جهاد ابتدایی» وارد شده است. خداوند در قرآن می فرماید: «ای پیامبر! با کافران و منافقان جهاد کن و بر آن ها سخت بگیر». همچنین می فرماید: «و با آن ها پیکار کنید، تا فتنه[شرک و سلب آزادی] برچیده شود و تمام دین از آن خداست». اما در مقابل، آیات فراوانی وجود دارد که جهاد مطلق را تقیید زده و مختص «جهاد دفاعی» می داند.