اولا: همه صحابه در برابر غصب خلافت سکوت نکردند؛ چنانکه در جمع سقیفه تعدادی از صحابه حضرت علی(ع) را شایسته خلافت معرفی کردند. خارج از جمع سقیفه نیز چهره های از مهاجرین و انصار و بنی هاشم با خلافت ابوبکر مخالفت کردند که بارزترین آنها چهره هایی مانند عباس بن عبدالمطلب، فضل بن عباس، زبیر بن عوام، خالد بن سعید، مقداد بن عمرو، سلمان فارسی، ابوذر غفاری، عمار یاسر، براء بن عازب و ابی بن کعب بودند. زبیر بن عوام نه تنها با تصمیمی که در سقیفه گرفته شد مخالفت کرد بلکه به روی سران سقیفه شمشیر نیز کشید. از آن جالب تر اینکه برخی از مورّخین اهل تسنن می گویند که سلمان، ابوذر، مقداد، عمار، و هشت نفر دیگر از بزرگان مهاجر و انصار تصمیم داشتند هنگام اولین سخنرانی ابوبکر بعد از سقیفه در مسجد او را از بالای منبر به زیر آورند و بکشند.
ثانیا: اعتراض آنها بنا به دلایلی ره به جایی نبرد؛ چرا که کینه هایی که برخی قریشیان از حضرت علی(ع) به دل داشتند مانع پشتیبانی آنها از ایشان می شد. از طرفی ساختار قبیله ای جامعه شبه جزیره که در آن هر قبیله ای دنبال سهم خواهی از قدرت با نفوذ در دستگاه خلافت بود، امکان سپردن جانشینی رسول خدا را از حضرت علی(ع) سلب کرد. در این میان عموم مردم به تهدید یا تطمیع از میدان به در شدند و عده ای قلیل که هنوز در برابر توطئه سقیفه مقاومت می کردند باقی ماندند که از آنها هم کاری ساخته نبود.

بعد از واقعه سقیفه، بعضى از صحابه ضمن اعتراض به عمل انجام شده(خلافت ابوبکر)، بر امامت و ولایت بحق امام على صحّه گذاشتند. أُبىّ بن کعب از جمله کسانى بود که هرگز با ابوبکر بیعت نکرد و شوراى سقیفه را بى ارزش می خواند. فضل بن عباس می گفت: صاحب ما على(ع) به خلافت، از شما سزاوارتر است. مقداد بن اسود مى گوید: عجب دارم از قریش که چگونه خلافت را از اهل بیت گرفت درحالى که على(ع) اوّل مؤمن به پیامبر(ص) است. سلمان فارسى، ابوذر غفارى و بریدة بن خضیب اسلمى نیز بیاناتی در این زمینه داشته اند.

ابویعقوب  معتزلی نمونه هایی از کینه عایشه به علی را نقل می کند، از جمله ناراحتی او از طولانی شدن صحبتش با حضرت رسول یا ناراحتی او از نشستن علی میان او و حضرت رسول و یا – با توجه به بچه دار نشدن عایشه از حضرت رسول - ناراحتی اش از محبت حضرت رسول به حضرت فاطمه و فرزندانش و یا ناراحتی اش از بسته شدن همه درها جز در خانه حضرت علی به مسجد، یا ناراحتی اش از ناتمام ماندن ابلاغ سوره برائت توسط پدرش و سپرده شدن این ماموریت از سوی حضرت رسول به حضرت علی و... .