خلفای اموی با جذب محمد بن شهاب زهری به دربار خود، از موقعیت دینی او استفاده کردند. او با جعل و کتابت احادیث به اهداف شوم خلفا کمک فراوانی کرد. حجم نوشته های زهری آن مقدار بود که پس از هلاکت ولید بن عبدالملک،  کتاب های او را به وسیله چهارپایان از خزانه خارج کردند. پر واضح است آنچه زهری به امر خلفای اموی نگاشته بود تنها احایثی در تایید خلفای اموی و کاستن از موقعیت بنی هاشم بود.

امام باقر(ع) با پنج تن از خلفاى اموى معاصر بود: 1- وليد بن عبدالملك. 2- سليمان بن عبدالملك. 3- عمر بن عبدالعزيز. 4- یزید بن عبدالملک. 5- هشام بن عبدالملک.

امام باقر(ع) سرآمد همه بنی هاشم در علم و زهد و تقوا در زمانه خود بود و دوست و دشمن به مقام علمی و اخلاقی او گواهی می دادند. ایشان با موقعیت شناسی از ضعف خلفای اموی وقت نهایت استفاده را برد و به نشر علوم و معارف الهی پرداخت و بن بست های علمی را گشود و زمینه را برای شکوفایی دانش در زمان امام صادق(ع) مهیا کرد. رجال و شخصیت های علمی آن روز- حتی بزرگان اهل تسنن و تنی چند صحابه رسول خدا که هنوز در قید حیات بودند – همه از محضر علمی ایشان استفاده می کردند.

حضرت باقر(ع) شاگردان برجسته اى در زمينه هاى فقه وحديث و تفسير و ديگر علوم اسلامى تربيت كرد كه هر كدام وزنه علمى بزرگى به شمار مى رفت. شخصيت هاى بزرگى همچون: محمد بن مسلم، زراره بن اعين، ابو بصير، بريد بن معاويه عجلى، جابربن يزيد، حمران بن اعين، و هشام بن سالم از تربيت يافتگان مكتب آن حضرتند.