«ولايت تكوينی» یعنی اینکه خداوند به کسی اجازه دهد در جهان آفرينش دخل و تصرف كند و برخلاف جريان طبيعى عالم، حوادثى را به وجود آورد. قرآن، صراحتا در مورد وقوع اين ولايت، سخن گفته است. مانند: اِحياى مردگان و شفاى بيماران لاعلاج توسط حضرت عيسی(ع) یا فرمانبردارى باد از حضرت سليمان(ع) و ... .
معجزات عیسی (ع) در منابع اسلامی عبارتند از: تکلم در گاهواره، نزول سفره ای پر از غذا از آسمان و برکت دادن غذا، شفای بیماران، زنده کردن مردگان، راه رفتن بر روی آب، خبر دادن از آنچه مردم در آینده خواهند خورد و ذخیره خواهند کرد، خلقت پرنده (خفاش) از گل، مسخ گروهی از اسرائیلیان سرکش. به بعضی از این معجزات در منابع مسیحی اشاره نشده است.
بعضی از معجزات عیسی(ع) که منابع اسلامی و مسیحی در آن اتفاق نظر دارند، عبارتند از : 1- شفای بیماران. 2- معجزه ی برکت دادن غذا. 3- راه رفتن بر روی آب. 4- زنده کردن مردگان.
اما معجزاتی مثل خشکاندن درخت انجیر، پرداختن پول جزیه به باجگیران، صید مقدار زیادی ماهی و آرام کردن طوفان را تنها در کتاب مقدس می توان دید. به علاوه، انجیل تبدیل شدن آب به شراب را هم از معجزات مسیح (ع) می داند که آموزه های دینی ما، پیامبران خدا را از انجام دادن چنین اقدامی بری می شمارد.
قالَ الباقر عليه السّلام :
بَلا فى اِثْنَيْنِ مِنْ اَصْحابِهِ قالَ: فَلمّا مَرَّبِها تَرَقْرَقَتْ عَيْناهُ لِلْبُکاءِ ثُمَّ قالَ: هذا مَناخُ رِکابِهِمْ وَ هذا مُلْقى رِحالِهِمْ وَهيهُنا تُهْراقُ دِماؤُهُمْ، طوبى لَکِ مِنْ تُرْبَةٍ عَلَيْکِ تُهْراقُ دِماءُ الاحِبَّةِ.
بحارالانوار، ج 44، ص 258