تبعیض در تقلید به این معنی که در برخی از مسائل از یک مجتهد و در مسائل دیگر از مجتهد دیگری تقلید شود، چند صورت دارد.
اگر یک مجتهد در یک باب و دیگری در باب دیگری اعلم باشد احتیاط در این است که در هر باب از مجتهد اعلم در آن باب تقلید شود.
اما اگر دو مجتهد در همه ابواب مساوی باشند، تبعیض در تقلید جایز است ولى در یک عمل باید از يك نفر تقليد كرد تا در بعضى از موارد اشکال به وجود نیاید.
قائلین به جواز تبعیض در تقلید، سیره عقلاء و ادله حجیت فتوا و جواز تقلید را شامل مبحث تبعیض در تقلید دانسته اند.

آيه 122 سوره «توبه» می فرماید: «چرا از هر گروهى طايفه اى كوچ نمى كنند تا در دين آگاهى يابند و به هنگام بازگشت به سوى قوم خود، آنها را انذار نمايند ...». اين آيه نه تنها فراگيرى آيين الهى را واجب مى شمرد بلكه تعليم دادن آن را بعد از فراگيرى نيز لازم مى داند. در این آیه به جهت بیان اهمیت مهاجرت برای فراگیری دانش از واژه «نفر» که مربوط به كوچ كردن به سوى «ميدان جهاد» است، استفاده شده است.