مطابق روايات، دعا براى امام زمان(عج) در برخى از مكانها سفارش و تأکید بیشتری شده است؛ از جمله: مسجد الحرام، سرداب مقدس، مقامات منسوب به حضرت از قبيل مسجد كوفه، مسجد سهله، مسجد جمکران و همچنین حرم امام حسين(ع)، حرم امام رضا(ع)، حرم عسكريين(ع)، حرم هر يك از امامان(ع) به طور عموم و صحرای عرفات در محل وقوف.

امام زمان(عج) در عصر غيبت كبری مكان خاصى ندارد و در جاهايي مانند «كوه رضوى»، «ذى طوى» و «سرداب مقدس» زندگي نمي كند. با اين وجود، علت ذكر نام كوه «رضوی» و «ذی طوی» در دعاي ندبه به جهت تقدس و تبرك اين دو مكان است و ثابت شده كه حضرت مهدي(عج) در اين دو مكان زياد تردد داشته است و شايد مقصود از «ذى طوى»، مكه مكرمه و «رضوى»، مدينه منوره باشد.

برخي اهل سنت شيعه را متهم مي كنند كه معتقد است امام زمان(عج) در سرداب مقدس غايب شده و در همانجا زندگي مي كند و از آنجا ظهور مي نماید؛ در حاليكه اين تهمت ناشی از جهل و نادانى است. آری مقدس بودن سرداب براى شيعيان به جهت این است که امام زمان(عج)، پدر و جد بزرگوارشان(ع) در آنجا بوده و اينكه در آنجا عبادت كرده اند و از همان جا حضرت مهدى(عج) غايب شده است. هم چنين با مراجعه به كتاب هاى علماى شيعه، قبل از ولادت امام مهدى(عج) تا اين زمان، مي فهميم كه هيچ يك از آنان چنين اعتقادى نداشته و ندارند.

بنابر برخی روايات، امام زمان(عج) مكان معينى ندارد؛ ولی بنابر برخى روايات، حضرت مكان خاصى دارند كه تنها خواص از شيعيان از آن اطلاع دارند. امام زمان(عج) به ابراهيم بن مهزيار فرمود: «پدرم مرا وصيت كرده كه در سرزمين هاى مخفى و دور سكنى گزينم تا امر من از مردم مخفى بماند و محلم از كيدهاى اهل ضلالت و ارتداد و از حوادث امت هاى گمراه محفوظ بماند؛ لذا اين سفارش، مرا به تپه هاى بلند كشانده است».