مصونیت امام زمان(عج) از خطر گزندهای دشمنان و ستمکاران فقط یکی از دلایل غیبت حضرت شان است، اما این غیبت حکمت های دیگری نیز دارد که مهم ترین آنها آمادگی روانی و اجتماعی و فرهنگی جامعه بشری برای ظهور و برپایی حکومت عدل جهانی است. یعنی احساس یأس از تمامی مکاتب انسانی و غیروحیانی و احساس نیاز به نوع دیگری از حکومت. به عبارت دیگر یکی از حکمت های غیبت مهدی موعود(عج) ذخیره یک حجت الهی برای تحقق یافتن تام و کامل اراده خداوند در سراسر جهان است. آنچه برای تحقق این امر لازم است آمادگی در سطح وسیع و جهانی است نه در حد حکومت محلی و محدود شیعه. حضرت مهدی(عج) قرار است اسلام را فراگیر و عدل را در سراسر جهان حاکم کند.

شیعیان معتقدند در زمان حضور امام معصوم یا با وجود نائب خاص امام، نماز جمعه واجب است. امّا حکم نمازجمعه در زمان غیبت امام معصوم اختلافی است. برخی از فقهای شیعه، حکم به «وجوب تعیینی» این نماز در زمان غیبت امام معصوم داده اند. برخی دیگر از فقهای شیعه هر گونه اقامه نماز جمعه را در زمان غیبت «حرام» اعلام کردند. بنابر نظر سوّم (واجب تخییری)، اقامه نماز جمعه در زمان غیبت امری مشروع است؛ ولی مکلفین می توانند بین به جا آوردن این نماز یا نماز ظهر، یکی را انتخاب کنند؛ این نظر به عنوان نظر رایج بین اکثریت فقهای شیعه شناخته می شود.
با توجه به نظر اکثریت علما و فقهای شیعه که اقامه چنین نمازی را در این زمان از باب «واجب تخییری»، امری مشروع اعلام کردند، می بینیم که در طول تاریخ و هر زمان که شرایط فراهم بوده است، در همه شهرها و اجتماعات شیعی، نماز جمعه اقامه شده است. شواهد و اسناد قاطع تاریخی نشان می دهد ادعای مهجوریت نماز جمعه در میان شیعیان تا چه اندازه ادعایی غیر منصفانه و دور از واقع است.
در دوران جمهوری اسلامی بعضی از مراجع تقلید - در دورانی که جوانتر بودند - پیش قدم اقامه نماز جمعه ها بوده اند. امّا اموری چون کسالت جسمی و کهولت سن اکثریت این علمای جلیل القدر باعث می شود که به مرور  در نماز جمعه شرکت نکنند. اضافه بر این، گاه شرکت آنها نیاز به مراقبت های ویژه امنیتی دارد، که سبب عسر و حرج می شود. با این وجود گاهی در نماز جمعه شرکت می کنند.