تاریخ اجتهاد فقهی در مذهب شیعه دوره های مختلفی را چون دیگر دانش ها پیموده است:
1. عصر رسول خدا: عصر مشترک همه مسلمانان بوده كه همگى احكام خويش را بدون واسطه از آن حضرت مى گرفتند.
2. عصر حضور امامان اهل بیت(ع): تلاش های ائمه اطهار(ع) برای تبیین احکام و حل مشکلات امت اسلامی نمودهای متفاوتی داشت که یکی از آنها پرورش فقهایی از میان اصحاب خود بوده است.
3. عصر شكل ‏بندى و تبويب فقه‏: با شروع دوران غیبت کبری فقیهان جامع الشرایط مسئولیت افتا و پاسخ‏ گویى را به عهده گرفتند. در این مرحله، کار کسانی که باید آنان را‌ محدّث‌-فقیه نامید، تنظیم نصوص در قالب عبارات فقهی بدون ذکر سند بود.
4. عصر تحوّل در عرصه فقاهت و اجتهاد: اين دوره از عصر شيخ طوسى و با نوشتن كتاب «مبسوط» آغاز شد. در این دوره مسائل جدید با استفاده از قواعدو اصول کلی و تفریع فروع نگاشته شد.
5. عصر ركود و تقليد: اين دوره از نيمه قرن پنجم آغاز و تا پايان قرن ششم ادامه مى يابد. به سبب عظمت علمى شيخ طوسى تا سالها فقيه مستقلى كه بتواند بر خلاف نظرات شيخ فتوا دهد يافت نشد.
6. عصر تجديد حيات فقه: در اواخر قرن ششم راه نقد افكار شیخ طوسی گشوده شد. پرچمدار نهضت نقد آرای شیخ طوسی، محمّد بن ادريس حلّى بود. از دیگر علمای بزرگ این دوره «محقّق حلّى» نویسنده کتاب «شرایع الإسلام» است.
7. عصر اخبارى گرى‏: در اوایل قرن یازدهم هجری قمری، حدیث گرایی با فعالیت های شخصی به نام محمد امین استرآبادی مجددا ظهور کرد. اخباری ها فقط اخبار و احادیث را در استباط احکام شرعی موجّه دانستند و اعلام کردند که «قرآن» و «اجماع» و «عقل» را به عنوان راه های استنباط احکام به رسمیت نمی شناسند.
8. عصر تجديد حيات اجتهاد: اين دوره، از اواخر قرن دوازدهم آغاز شد و اخباری گری را به طور کلی از جریان مسلط حوزه های علمیه به زیرکشید. در اواخر سلطه اخباريون علّامه وحيد بهبهانى در برابر تفكّر اخبارى گرى برخاست و مبانى اخباريون را نقد كرد و به تقويت مبانى مجتهدان اصولى پرداخت.
9. عصر نوآورى هاى فقهى‏: اين دوره، از نيمه قرن سيزدهم آغاز شد. پيشواى این نوآوری ها در فقه و اصول، شيخ مرتضى انصارى بود. آخوند خراسانی یکی از برجسته ترین شاگرادن شیخ انصاری بود که خود نيز داراى نوآورى هايى در «اصول فقه» است.

طبق نظر اکثر فقهای شیعه نماز جمعه در عصر غیبت «واجب تعیینی» نبوده بلکه «واجب تخییری» است؛ یعنی هر مکلفی مخیر و مختار است که یا نماز ظهر را بخواند یا نماز جمعه را؛ البته در زمان ما اولویت با نماز جمعه است.
ضمن اینکه در دوران حاضر بعضی از مراجع تقلید که خود در دوران جوانی پیش قدم اقامه نماز جمعه ها بوده اند، به دلیل اینکه غالباً سالخورده هستند در آن شرکت نمی کنند و گاهی شرکت آنها سبب عسر و حرج شخصی و امنیتی می شود.

شیعیان معتقدند در زمان حضور امام معصوم یا با وجود نائب خاص امام، نماز جمعه واجب است. امّا حکم نمازجمعه در زمان غیبت امام معصوم اختلافی است. برخی از فقهای شیعه، حکم به «وجوب تعیینی» این نماز در زمان غیبت امام معصوم داده اند. برخی دیگر از فقهای شیعه هر گونه اقامه نماز جمعه را در زمان غیبت «حرام» اعلام کردند. بنابر نظر سوّم (واجب تخییری)، اقامه نماز جمعه در زمان غیبت امری مشروع است؛ ولی مکلفین می توانند بین به جا آوردن این نماز یا نماز ظهر، یکی را انتخاب کنند؛ این نظر به عنوان نظر رایج بین اکثریت فقهای شیعه شناخته می شود.
با توجه به نظر اکثریت علما و فقهای شیعه که اقامه چنین نمازی را در این زمان از باب «واجب تخییری»، امری مشروع اعلام کردند، می بینیم که در طول تاریخ و هر زمان که شرایط فراهم بوده است، در همه شهرها و اجتماعات شیعی، نماز جمعه اقامه شده است. شواهد و اسناد قاطع تاریخی نشان می دهد ادعای مهجوریت نماز جمعه در میان شیعیان تا چه اندازه ادعایی غیر منصفانه و دور از واقع است.
در دوران جمهوری اسلامی بعضی از مراجع تقلید - در دورانی که جوانتر بودند - پیش قدم اقامه نماز جمعه ها بوده اند. امّا اموری چون کسالت جسمی و کهولت سن اکثریت این علمای جلیل القدر باعث می شود که به مرور  در نماز جمعه شرکت نکنند. اضافه بر این، گاه شرکت آنها نیاز به مراقبت های ویژه امنیتی دارد، که سبب عسر و حرج می شود. با این وجود گاهی در نماز جمعه شرکت می کنند.