تاریخ اجتهاد فقهی در مذهب شیعه دوره های مختلفی را چون دیگر دانش ها پیموده است:
1. عصر رسول خدا: عصر مشترک همه مسلمانان بوده كه همگى احكام خويش را بدون واسطه از آن حضرت مى گرفتند.
2. عصر حضور امامان اهل بیت(ع): تلاش های ائمه اطهار(ع) برای تبیین احکام و حل مشکلات امت اسلامی نمودهای متفاوتی داشت که یکی از آنها پرورش فقهایی از میان اصحاب خود بوده است.
3. عصر شكل ‏بندى و تبويب فقه‏: با شروع دوران غیبت کبری فقیهان جامع الشرایط مسئولیت افتا و پاسخ‏ گویى را به عهده گرفتند. در این مرحله، کار کسانی که باید آنان را‌ محدّث‌-فقیه نامید، تنظیم نصوص در قالب عبارات فقهی بدون ذکر سند بود.
4. عصر تحوّل در عرصه فقاهت و اجتهاد: اين دوره از عصر شيخ طوسى و با نوشتن كتاب «مبسوط» آغاز شد. در این دوره مسائل جدید با استفاده از قواعدو اصول کلی و تفریع فروع نگاشته شد.
5. عصر ركود و تقليد: اين دوره از نيمه قرن پنجم آغاز و تا پايان قرن ششم ادامه مى يابد. به سبب عظمت علمى شيخ طوسى تا سالها فقيه مستقلى كه بتواند بر خلاف نظرات شيخ فتوا دهد يافت نشد.
6. عصر تجديد حيات فقه: در اواخر قرن ششم راه نقد افكار شیخ طوسی گشوده شد. پرچمدار نهضت نقد آرای شیخ طوسی، محمّد بن ادريس حلّى بود. از دیگر علمای بزرگ این دوره «محقّق حلّى» نویسنده کتاب «شرایع الإسلام» است.
7. عصر اخبارى گرى‏: در اوایل قرن یازدهم هجری قمری، حدیث گرایی با فعالیت های شخصی به نام محمد امین استرآبادی مجددا ظهور کرد. اخباری ها فقط اخبار و احادیث را در استباط احکام شرعی موجّه دانستند و اعلام کردند که «قرآن» و «اجماع» و «عقل» را به عنوان راه های استنباط احکام به رسمیت نمی شناسند.
8. عصر تجديد حيات اجتهاد: اين دوره، از اواخر قرن دوازدهم آغاز شد و اخباری گری را به طور کلی از جریان مسلط حوزه های علمیه به زیرکشید. در اواخر سلطه اخباريون علّامه وحيد بهبهانى در برابر تفكّر اخبارى گرى برخاست و مبانى اخباريون را نقد كرد و به تقويت مبانى مجتهدان اصولى پرداخت.
9. عصر نوآورى هاى فقهى‏: اين دوره، از نيمه قرن سيزدهم آغاز شد. پيشواى این نوآوری ها در فقه و اصول، شيخ مرتضى انصارى بود. آخوند خراسانی یکی از برجسته ترین شاگرادن شیخ انصاری بود که خود نيز داراى نوآورى هايى در «اصول فقه» است.

با اینکه عالمان محقق ما و صاحبان اجتهاد و نظر، يكصدا به استناد دلايل عقلى و نقلى متواتر، احتمال تحريف قرآن را مردود شمرده‌اند و همواره بر ثبات عقيده نخستينى كه قرآن بر آن تصريح دارد، پافشارى كرده‌اند، لکن سخن پوچى را فرقه‌اى تندرو موسوم به «اخباريون» مطرح ساخته‌ و با پذيرش ادعاى تحريف، با مخدوش ساختن قداست قرآن از روى بى‌مبالاتى، با برادران حشوى خود همداستان شده‌اند.

در اينجا تصريحات پاره‌اى از درخشان‌ترين چهره‌هاى عالم تشيع را از نظر مى‌گذرانيم؛ كسانى‌كه گردونه اعتبار علوم دينى بر محور ايشان مى‌چرخد و پيشواى تحقيق و الگوى نقد و گزينش يك رأى به‌شمار مى‌آيند؛ از اين‌رو گفتار ايشان حجت و ديدگاه‌هاى آنان سند پذيرش است. اينان همه به يك صدا و بدون هيچ استثنايى، احتمال تحريف در قرآن را رد كرده و خط بطلان بر آن كشيده‌اند. كسانى مثل صدوق كه بر روايات ائمه‌اطهار(ع) احاطه تام دارند عدم تحريف قرآن را از اصول و اركان معتقدات شيعه دانسته است.

علماى اماميه از عصر ائمه(ع) و در دوران طولانى غيبت به منظور استنباط درست از پايه‌هاى شرع مقدس اسلام همواره دو راه را در پيش گرفته‌اند: جمعى راه استدلال و تحقيق را انتخاب نموده‌اند كه به آنان «مجتهد» مى‌گويند و گروهى ديگر به نقل حديث بسنده نموده‌اند كه به آنان اصطلاحآ «محدث» گفته مى‌شود. اختلاف اساسى مجتهدان با محدثان اين است كه محدثان در مسايل دينى ـ به‌ويژه در اصول ـ بر «نقل» بيش از «دليل عقلى» تكيه مى‌كنند؛ در حالى كه اخبار آحاد در اصول دين نزد مجتهدان از درجه اعتبار ساقط است.