یکی از مباحث کلامی، امامت پیش از بلوغ است كه در زمان امامت امام جواد(ع) مطرح شد. به نظر «نوبختی» علّت اختلاف، شرط دانستن بلوغ براي امامت بود. اما «حجت خدا» علم را حتی قبل از بلوغ و بدون یادگیری و به طور لدنّی، می تواند اخذ کند. البته شیعیان از قبل نیز امامان را در مقابل انواع پرسش ها قرار می دادند تا به شرط پاسخ گویی به سؤالات و همچنین وجود نصّ به امامتشان به عنوان امام معصوم(ع) شناخته ‌شوند؛ لکن سنّ کم امام جواد(ع) این آزمایش را ضروری تر كرد و شيعيان نیز با دریافت پاسخ همه سؤالات خویش، با اطمینان خاطر امامت‌ ايشان را پذیرفتند.

امام رضا(ع) در عصر خود با ديدگاه های كلامی انحرافی مواجه بودند كه بيشتر از سوی معتزله و اهل حدیث مطرح می شد. مباحث مربوط به توحید، به ویژه بحث صفات خدا، از جمله صفت عدل که ارتباط مستقیمی با موضوع جبر و اختیار داشت، از داغ ترین مباحث کلامی آن عصر بود. اهل حدیث نیز با پذيرش ظاهر آیات و روایاتی که دالّ بر تشبیه بود، خدا و صفاتش را به شکل یک انسان تصویر کرده و برای او چشم و دست و پا و ... قائل بودند. همچنین از ديگر مباحث كلامی می توان به مسأله رؤیت خدا، اثبات دست برای خدا و بخشوده نشدن گناهان کبیره اشاره كرد.