دو کتاب و چند رساله به خواجه نصیر منسوب است که به روش اسماعیلیان نوشته شده است. یکى از آنها «رساله سیر و سلوک» است که در آن تصریح شده که اعتقادات اسماعیلیه حق است و دیگرى «روضة التسلیم» است که بر مشى اسماعیلیان نوشته شده است. امّا حق این است که خواجه بعد از آزادى از قلعه های اسماعیلیه به نقد دیدگاههاى اسماعیلیه پرداخت و کتب متعددى مثل «تجرید الاعتقاد» را در اثبات عقاید اثناعشریه نوشت. وى در کتاب «نقدالمحصل» به نقد دیدگاه اسماعیلیه پرداخته و آنان را خارج از دین معرفى کرده است.

بعد از حمله مغول به ایران، اسماعلیلیان نزارى صدمات سختی را متحمل شدند. بنابه نقل جوینى فقط در قهستان دوازده هزار مرد را قتل عام کردند و زنان و کودکان نزارى در بازار خراسان فروخته شدند. خورشاه با نه نفر از همراهان خود در شمال غرب مغولستان به قتل رسیدند و خانواده وى که به قزوین تبعید شده بودند، مدتى بعد کشته شدند. جوینى گزارش مى دهد که پس از فتح قلاع نزاریان و قتل عام آنها نشانى از آنها بر جاى نماند و جز افسانه اى در زبان ها و خبرى در جهان باقى نماند.

یکى از قدیمیترین منابع موجود درباره نزاریان ایران کتاب تاریخ جهانگشاى جوینى است. وى در کتابخانه قلعه الموت، کتابى به نام تاریخ جیل و دیلم یافته که درباره قلعه الموت بوده است. کتاب دیگرى که در آنجا یافت به نام سرگذشت سیدنا بود که درباره زندگانى حسن صباح و فعالیتهاى اوست، که جوینى تقریباً آنرا در کتاب خود نقل کرده است. کتابى که در قرن اخیر درباره نزاریان نوشته شده، کتاب فرقه اسماعیلیه نوشته هاجسن است که توسط فریدون بدره اى ترجمه شده است.