مرگ مستنصر باعث انشقاق بزرگ در درون فاطمیان گردید. مستنصر، نزار پسر ارشد خود را به جانشینى خود منصوب کرده بود، ولى افضل (پسر بدر الجمالی وزیر مستنصر) که مى دانست با آمدن نزار از کار برکنار مى شود و یا قدرتش محدود مى شود، کوچکترین فرزند مستنصر را که بیشتر از بیست سال نداشت و به تازگى خواهر افضل را به همسرى گرفته بود، به عنوان امام اسماعیلیه مطرح ساخت و از بزرگان کاخ فاطمیان براى وى بیعت گرفت و به این ترتیب باعث ایجاد دو فرقه بزرگ در اسماعیلیه شد.

دوران مستعلى دوره حضور صلیبیون در فلسطین و شام و شکست حکومت فاطمی در مقابل آنها است. در سال 495 هجرى مستعلى بعد از هشت سال خلافت که تماماً بازیچه دست افضل بود، درگذشت و پسرش منصور با لقب الآمر بأحکام الله بر کرسى خلافت نشست. تا زمان قتل افضل در سال 515 هـ.ق، آمر هیچ کاره بود و بعد از آن هم ظلم هاى فراوانى انجام داد و سرانجام به دست گروهى از فدائیان نزارى به قتل رسید.