با روى کار آمدن حافظ  در سال 524 هجرى خلافت فاطمیان هم از نظر اقتدار دینى و هم از نظر اقتدار سیاسى به مصر و بعضى اماکن شام محدود شد. دوران حافظ دوران پرتلاطم دعواهاى خانوادگى است. در این زمان وزراء مختلفى قیام کرده و مصر صحنه درگیرى هاى خونین بود. حافظ پس از بیست سال حکومت در سال 544 هـ درگذشت. بعد از حافظ، سه خلیفه جوان از خانواده حافظ به قدرت رسیدند. تا اینکه صلاح الدین ایوبی که به وزارت خلیفه وقت فاطمی رسیده بود، تشکیل نیروى نظامى قدرتمند پرداخته و قواى فاطمى را از کار برکنار کرد.

دوران مستعلى دوره حضور صلیبیون در فلسطین و شام و شکست حکومت فاطمی در مقابل آنها است. در سال 495 هجرى مستعلى بعد از هشت سال خلافت که تماماً بازیچه دست افضل بود، درگذشت و پسرش منصور با لقب الآمر بأحکام الله بر کرسى خلافت نشست. تا زمان قتل افضل در سال 515 هـ.ق، آمر هیچ کاره بود و بعد از آن هم ظلم هاى فراوانى انجام داد و سرانجام به دست گروهى از فدائیان نزارى به قتل رسید.