در قرن پنچم، مناقشات الهیّاتی به بحث در مورد شخصیت مسیح (تجسد)، گناه ذاتی و فیض الهی منتقل شد. در پایان قرن چهارم میلادی، موجودیت امپراطوری روم غربی پایان یافت. آئورلیوس آوگوستین اصل تعقیب و شکنجه را برای هدایت نسل های آینده تنظیم کرد. لئو، اسقف روم در سال های 440 تا 461 میلادی به مقام پاپی اشتغال داشت. نستوریوس عیسی مسیح(ع) را انسانی می دانست که «کلمه»ی الهی یا خدا در او ساکن شده بود. در این قرن، مسیحیّت مارونی شکل گرفت، نستوری گری اعتقاد رسمی کلیسای ایران شد و جدایی کلیساهای شرق و غرب کامل شد.

آیین عشای ربانی نماد حلول و تجسد الهی قلمداد می شود. در اناجیل، راجع به آخرین شام عیسی همراه با شاگردانش توصیفاتی وجود دارد که به دو صورت کلی قابل توضیح اند. این که نان و شراب توزیع شده به دست عیسی یا نمادی برای اتحاد با او و یا عنصر حیات در نظر گرفته می شود. به تدریج این آموزه در عقاید مسیحیت شکل گرفته که نان و شراب بر اثر تبدّل جوهر واقعا به خون و گوشت مسیح تبدیل می شود و شخصی که از آنها تناول می کند، با عیسی متحد می شود.