پس از غائله ی زنجان و اعدام و حبس بزرگان بابیه توسط امیر کبیر، بابیان توطئه ای برای قتل شاه و امیرکبیر و امام جمعه ی تهران، تدارک دیدند. لذا در روز بیستم شوال سال 1268 ه، شش نفر از بابی ها به طرف ناصرالدین شاه تیراندازی کردند، و بعد با قمه و غدّاره به شاه حمله بردند و او را مجروح نمودند. آنچه که مسلّم است، طراح و گرداننده ی اصلی این توطئه، «ملاشیخ علی عظیم» و «حسینعلی میرزا» بودند که «ملا شیخ علی» کشته شد؛ و «حسینعلی میرزا» به زندان افتاد که با حمایت سفیر روس در ایران، از زندان گردید.

«ملا محمد علی زنجانی» ملقب به «حجت»،که در زمان واقعه قلعه طبرسی، در تهران محبوس بود، با فوت محمد شاه قاجار فرصتی یافته، از زندان فرار کرد و به زنجان گریخت. او مردم را با فریب به خود جذب کرد و با کمک ایشان در زنجان حوادثی را ایجاد کرد. حاکم زنجان مجبور به زندانی کردن حجت شد. این حکم، زنجان را به آتش کشید و پس از طولانی شدن منازعات، امیرکبیر، عده ای از سرداران و بزرگان دولتی را وارد نبرد با نیروهای بابیه کرد که بعد از جنگی سخت،  حجت، بر اثر گلوله ای که بر بازویش آمد، هلاک شد.

ملامحمد قزوینی که از بزرگان علمای قزوین بود، پس از مباحثه با شیخ احمد احسائی، حکم به تکفیرش داد و این حکم به قدری برای شیخیان گران بود که قتل او را واجب دانستند. دختر ملا محمد صالح (برادر شهید ثالث)، که بعدها به فرقه بابیه گروید، زمینه از  بین بردن بزرگترین مانع بابیه در قزوین را به دست میرزا صالح قرتیه تدارک دید. او در سال 1264 ه. ش با عده ای قداره کش، به مرحوم ملا که در محراب نماز بود حمله کرده و به بدترین وضعی، آن پیر مرد عابد را کشتند.

پس از شکست اجتماع «بدشت»، عده ای از بابیان در انتظار دستور ملا حسین بشرویه ای، در مناطق مختلف خراسان و مازندران مقاومت می کردند. علی محمد شیرزای ، فرصت را برای قیام مناسب دانست و دستور حرکت از مشهد به مازندران را صادر کرد. ملا حسین و بابیان بعد از شکست در بابل به علی آباد رفته و در قلعه ای نزدیک مقبره شیخ طبرسی پناه گرفتند و سرانجام پس از چهار ماه محاصره، با تمام شدن آذوقه مجبور به تسلیم شدند و علما حکم به قتل آنها دادند. در این فتنه از جماعت بابیه، هزار و پانصد نفر هلاک شدند.

برای جبران فاجعه قلعه شیخ طبرسی، «یحیی دارابی» که نماینده علی محمد شیرازی ، در یزد و نیریز بود، بعد از قیام در یزد و شکست از آنها به سوی شیراز و از آنجا به نیریز رفت و با سیصد نفر از اصحاب خود، در قلعه ای مستقر شد و با حمله به شهر نیریز آن را غارت و حکام آنجا را کشت. وقتی خبر به حاکم فارس رسید، لشکری با توپ روانه ی نیریز نمود. یحیی  بعد از این که یک صد و پنجاه نفر از افرادش کشته و بقیه آنها فرار کردند، تسلیم شد و سرانجام اعدام گشت.