جوانه هاى تفسير موضوعى قبل از هر چيز در خود قرآن ديده مى شود؛ و دستور قرآن در زمينه تفسير آيات متشابه به وسيله آيات محكم، نوعى از تفسير موضوعى است. در كلمات معصومین نيز نمونه هاى فراوانى آمده كه روش گردآورى آيات مربوط به يك موضوع، جمع بندى و استفاده از آن را به ما می آموزد. مثلا پیامبر(ص) در حدیثی برای استدلال درباره نکوهش دنیا به آیاتی از سوره حدید، زخرف، اسرا و ق؛ و علی(ع) در جمع بندی معنای کفر، به آیاتی از سوره جاثيه، نمل، بقره، ممتحنه، عنكبوت و ابراهيم استشهاد می نمایند.