منابع معتبر پنهان ماندن مرقد مطهر امام علی(ع) در مقطعی از تاریخ را بنابر وصیت خود حضرت و به جهت مصون ماندن از هتاکی های وحشیانه عمال و مزدوران بنی امیه می دانند. قداست منحصر به فرد مرقد امام علی(ع) و مقام با شرافت و عوامل دیگر ایجاب می نمود تا حرمت این مزار حفظ شود. پنهان نگاه داشتن مرقد مطهر حضرت می تواند به دلیل عدم شناسایی و حفظ جان شیعیان زائر حضرت نیز باشد. در زمان امام صادق(ع) که تعرض به شیعیان کمتر بود مکان فعلی توسط ایشان معرفی گردید.