حضرت موسی(ع) به طور کلی و در امور شریعت از حضرت خضر داناتر است اما در مرحله ای خاص از نبوت خویش با خضر همراهی می کند تا علوم باطنی و تکوینی موردی را که فقط خضر آنها را می دانست بیاموزد؛ چرا که اعطای علم غیب به دست خداست و طبق حکمت خویش هرجا لازم باشد پیامبر خویش را به آن علم آگاه می کند. ضمن اینکه به نظر می آید همراهی موسى(ع) با خضر دانا و آزمایش های الهی تمهیدی خدایی برای بالا بردن درجات اخلاقی موسى(ع) بود.

اولا: حضرت خضر(ع) طبق حکمت و اذن و فضل پروردگار به ابوابى از باطن علوم احاطه داشته كه موسى(ع) از آن آگاهى چندانى داشت. به همین خاطر وقتی حضرت موسی(ع) رفتار حضرت خضر(ع) را با معیار علوم ظاهری و احکام شریعت ارزیابی کرد، آنها را خارج از این ضوابط ظاهری می یافت و به حضرت خضر(ع) اعتراض می کرد و حق نیز این بود که اعتراض کند. وقتی منشأ چنین اعتراضی از سوی موسی(ع) عدم اطلاعش از تفاوت های مبنایی دانش ها، علوم و معارفی باشد که خداوند به هر کدام از او و خضر(ع) عطا کرده است، منافاتی با عصمت ندارد.
ثانیا: اظهار پشیمانی از اعتراضات و قضاوت های مورد اشاره در داستان موسی(ع) و خضر(ع) منافاتی با موضوع عصمت ندارد. چرا كه نه مربوط به اساس دعوت نبوت است و نه فروع آن و نه تبليغ دعوت. بلكه در مساله ای صرفا عادى و مربوط به زندگانى روزمره است. آنچه مسلم است هيچ پيامبرى در دعوت نبوت و شاخ و برگ آن مطلقا گرفتار خطا و اشتباه نمی شود و مقام عصمت او را از چنين چيزى مصون مى دارد.