در قرن پنچم، مناقشات الهیّاتی به بحث در مورد شخصیت مسیح (تجسد)، گناه ذاتی و فیض الهی منتقل شد. در پایان قرن چهارم میلادی، موجودیت امپراطوری روم غربی پایان یافت. آئورلیوس آوگوستین اصل تعقیب و شکنجه را برای هدایت نسل های آینده تنظیم کرد. لئو، اسقف روم در سال های 440 تا 461 میلادی به مقام پاپی اشتغال داشت. نستوریوس عیسی مسیح(ع) را انسانی می دانست که «کلمه»ی الهی یا خدا در او ساکن شده بود. در این قرن، مسیحیّت مارونی شکل گرفت، نستوری گری اعتقاد رسمی کلیسای ایران شد و جدایی کلیساهای شرق و غرب کامل شد.

مسیحیان غسل تعمید را که سابقه اش به یحیی می رسد، نشانه ای برای ورود به مسحیت می دانند و معتقدند حضرت مسیح پیروان خود را به تعمید مردم به نام پدر و پسر و روح القدس فراخوانده است. در بین فرقه ها و مذاهب مسیحی غالبا انجام آن را به توبه و ایمان و تعلیم شخص منوط می کنند و سپس تعمید به عنوان تطهیری برای پاک شدن از گناه ذاتی انسان و شریک شدن در مرگ و رستاخیز عیسی(ع) و صاف شدن از گناه ابتدایی و ذاتی انسان شناخته می شود.