نحوه تشکیل و تعیین اعضاء شوراى شش نفره به گونه اى پیش بینی شده بود که خلافت به على(ع) نرسد، اما امام(ع) براى آن که خود را شایسته خلافت مى دانست، لازم دید در آن جلسه شرکت کند و با استدلال، حقّانیّت خویش را به اثبات رساند؛ علاوه بر آن على(ع) نمى خواست به ایجاد شکاف و مخالفت متّهم شود، و یا اینکه نگویند اگر حضرت در آن مجلس شرکت مى کرد، حقّش را به وى مى دادند.

سقیفه، خلافت را که عهدى الهى بود، به زمامدارى فردى از قریش تنزّل داد و در ادامه راه، به حکومت سلطنتى بنى امیّه تبدیل کرد. حکومتى که حاکمیّت اسلامى را به امپراطورى و پادشاهى موروثى تبدیل کرد، پدیده اى نبود که یکباره در دنیاى اسلام سر برآورده باشد، بلکه طىّ سالیانى با حمایت هاى پیدا و پنهان خلفا پا به عرصه وجود گذاشت.

یکى از مهمترین پیامدهاى سقیفه، شکسته شدن حرمت پیامبر(ص) بود. در سقیفه سخنان آن حضرت در نصب علی(ع) به فراموشى سپرده شد و ابّهت حضرت در بین مردم شکسته شد. دستگاه خلافت که با برافروختن آتش تعصّبات قبیله اى، توانسته بود جایگاهی به چنگ آورد، براى حفظ آن به خانه وحى و رسالت یورش بردند. پر واضح است که این حرمت شکنى ها، از سوى کسانى که سال ها  محضر پیامبر(ص) را درک کرده بودند، مى توانست تا چه میزان مورد سوء استفاده فرصت طلبانى چون بنى امیّه قرار گیرد، و نتایج شومى را براى آیندگان به بار آورد.

یکی از نتایج سقیفه، تبدیل خلافت الهی، که اعتبارش از نصّ و تعیین مستقیم خدا و رسولش نشأت می گرفت، به یک امر عادی بشری بود. در نظام اجتماعی، اگر قانونی شکسته شد، تضمینی وجود ندارد که اصل های دیگر، شکسته نشود. به همین دلیل، پس از سقیفه، انتخاب خلیفه از هیچ قانونی پیروی نکرد. روزی در بین مشاجره انصار و چند نفر از قریش، روزی با وصیت خلیفه اول، روزی با شورای شش نفری و روزی هم معاویه برای یزید بیعت گرفت. این محصول نهال شومی است که در سقیفه غرس شده بود.