وقتى افکار و عقاید او به علماى عصرش رسید با او به مخالفت برخاسته و از نشر آن ممانعت کردند و همه متّفق شدند که اگر او دست از افکار باطلش برندارد او را زندانى کنند. با اصرار او بر عقایدش، چندین نوبت او را به زندان انداختند و در آخر عمر از نوشتن و مطالعه ممنوع گشت، و هر نوع کتاب، قلم و دواتى که نزد او بود، از او گرفته شد. محمّد بن محمّد بخارى حنفى در بدعت گذارى و تکفیر ابن تیمیه بى پرده سخن گفته است تا آنجا که تصریح نموده: «اگر کسى به ابن تیمیه شیخ الاسلام اطلاق کند، کافر است».