«اعجاز قرآن»، يكى از مسائلى است كه شبهه «تحريف» را نفى مى كند. علما مسئله اعجاز را بزرگترين دليل بر ردّ شبهه تحريف دانسته اند؛ زيرا احتمال زيادت - چنانکه برخى از خوارج گفته اند سوره «يوسف» بر قرآن افزوده شده، چون يك سرگذشت عاشقانه است - و يا كاستن از قرآن - آن گونه كه «عبدالله ‌بن مسعود» گفته دو سوره «معوّذتان» جزء قرآن نيستند - همچنین احتمال تبديل كلمات قرآن، چنان كه «شيخ نوری» پنداشته؛ درباره قرآن منتفى است؛ زيرا لازمه تغییر، امكان هم آوردى با قرآن است، که در این صورت شبهه تحریف با مسئله اعجاز در تضادّ است.

برخی بر اساس منابع جعلی مدعی شده اند که شیعه معتقد به وجود سوره های «نورین» و «ولایت» در قرآن می باشد که در زمان عثمان حذف شده! درحالیکه تا پیش از کتاب «دبستان مذاهب» در قرن «یازدهم قمری» که ربطی به «شیعه» ندارد و توسط «انگلیس» رواج یافته، هیچ مدرکی برای آن وجود ندارد. همچنین علمای شیعه بارها بر عدم تحریف قرآن تصریح کرده اند و قرآن موجود در مساجد و خانه های شیعیان نیز يك كلمه با ساير قرآن‏ها در بلاد دیگر مسلمين تفاوت ندارد. لذا طرح این اتّهام علیه شیعه دور از انصاف و تقواست.