تاریخ اجتهاد فقهی در مذهب شیعه دوره های مختلفی را چون دیگر دانش ها پیموده است:
1. عصر رسول خدا: عصر مشترک همه مسلمانان بوده كه همگى احكام خويش را بدون واسطه از آن حضرت مى گرفتند.
2. عصر حضور امامان اهل بیت(ع): تلاش های ائمه اطهار(ع) برای تبیین احکام و حل مشکلات امت اسلامی نمودهای متفاوتی داشت که یکی از آنها پرورش فقهایی از میان اصحاب خود بوده است.
3. عصر شكل ‏بندى و تبويب فقه‏: با شروع دوران غیبت کبری فقیهان جامع الشرایط مسئولیت افتا و پاسخ‏ گویى را به عهده گرفتند. در این مرحله، کار کسانی که باید آنان را‌ محدّث‌-فقیه نامید، تنظیم نصوص در قالب عبارات فقهی بدون ذکر سند بود.
4. عصر تحوّل در عرصه فقاهت و اجتهاد: اين دوره از عصر شيخ طوسى و با نوشتن كتاب «مبسوط» آغاز شد. در این دوره مسائل جدید با استفاده از قواعدو اصول کلی و تفریع فروع نگاشته شد.
5. عصر ركود و تقليد: اين دوره از نيمه قرن پنجم آغاز و تا پايان قرن ششم ادامه مى يابد. به سبب عظمت علمى شيخ طوسى تا سالها فقيه مستقلى كه بتواند بر خلاف نظرات شيخ فتوا دهد يافت نشد.
6. عصر تجديد حيات فقه: در اواخر قرن ششم راه نقد افكار شیخ طوسی گشوده شد. پرچمدار نهضت نقد آرای شیخ طوسی، محمّد بن ادريس حلّى بود. از دیگر علمای بزرگ این دوره «محقّق حلّى» نویسنده کتاب «شرایع الإسلام» است.
7. عصر اخبارى گرى‏: در اوایل قرن یازدهم هجری قمری، حدیث گرایی با فعالیت های شخصی به نام محمد امین استرآبادی مجددا ظهور کرد. اخباری ها فقط اخبار و احادیث را در استباط احکام شرعی موجّه دانستند و اعلام کردند که «قرآن» و «اجماع» و «عقل» را به عنوان راه های استنباط احکام به رسمیت نمی شناسند.
8. عصر تجديد حيات اجتهاد: اين دوره، از اواخر قرن دوازدهم آغاز شد و اخباری گری را به طور کلی از جریان مسلط حوزه های علمیه به زیرکشید. در اواخر سلطه اخباريون علّامه وحيد بهبهانى در برابر تفكّر اخبارى گرى برخاست و مبانى اخباريون را نقد كرد و به تقويت مبانى مجتهدان اصولى پرداخت.
9. عصر نوآورى هاى فقهى‏: اين دوره، از نيمه قرن سيزدهم آغاز شد. پيشواى این نوآوری ها در فقه و اصول، شيخ مرتضى انصارى بود. آخوند خراسانی یکی از برجسته ترین شاگرادن شیخ انصاری بود که خود نيز داراى نوآورى هايى در «اصول فقه» است.

انبوهى از روايات در دست است كه از ائمه اطهار عليهم السّلام روايت شده و - به صراحت يا اشاره - بر مصونيت نص قرآن از تحريف تأكيد دارد؛ دستان ناپاك اگر چه توانستند با تأويل و تفسير ناحق به آن دست پيدا كنند، هرگز نتوانستند به متن آن دستبرد بزنند.

این ایراد بر اهل سنت وارد است، نه شیعه؛ مکتب شیعه در زمان پیامبر(ص) شکل گرفت. طبق آیه «خير البَريّة» و روایاتی که شیعه و سنی نقل کرده، اطلاق لفظ شیعه بر پیروان امام علی(ع) توسط پیامبر(ص) صورت گرفت، اما مسلمانان عصر رسول خدا هرگز «سُنّی» نامیده نمی شدند و «اهل سنّت» با تمام مکاتب کلامی و فقهی و حدیثی و طریقت های صوفیانه اش در قرنهای بعد از صدر اسلام پدید آمدند. ضمن اینکه کمال دین به خبر «ولایت علی(ع)» بود که بعد از نزول آیه اکمال دین در روز غدير فرود آمد و طبق حدیث ثقلین و آیات ابلاغ و اکمال دین و سایر آیات و روایاتی که به پیروی از اهل بیت سفارش کرده، آن اسلامی که در زمان پیامبر کامل شد اسلام به تفسیر و روایت اهل بیت و تشیع است. آن اسلامی که در زمان پیامبر کامل شده است اسلام به تفسیر و روایت امامان اهل بیت است و «تشيع» در حقیقت به معناى پيروى از پيامبر(ص) می باشد. روشن است كه تشيع به اين معنا، عين اسلام است، نه جدا از اسلام. از نظر شیعه اسلام حقیقی همان است که کتاب آن را امامان اهل بیت تفسیر می کند و سنت آن را هم آنها روایت می کند؛ چرا که اهل بیت مصداق اصلی آيه «فَسْئَلُوا أَهْلَ‏ الذِّكْرِ إِنْ كُنْتُمْ لا تَعْلَمُونَ»؛‏ (از اهل ذكر سؤال كنيد اگر نمى‏ دانيد) می باشند.