«اعجاز قرآن»، يكى از مسائلى است كه شبهه «تحريف» را نفى مى كند. علما مسئله اعجاز را بزرگترين دليل بر ردّ شبهه تحريف دانسته اند؛ زيرا احتمال زيادت - چنانکه برخى از خوارج گفته اند سوره «يوسف» بر قرآن افزوده شده، چون يك سرگذشت عاشقانه است - و يا كاستن از قرآن - آن گونه كه «عبدالله ‌بن مسعود» گفته دو سوره «معوّذتان» جزء قرآن نيستند - همچنین احتمال تبديل كلمات قرآن، چنان كه «شيخ نوری» پنداشته؛ درباره قرآن منتفى است؛ زيرا لازمه تغییر، امكان هم آوردى با قرآن است، که در این صورت شبهه تحریف با مسئله اعجاز در تضادّ است.

«اعجاز علمى قرآن» مربوط به اشاراتى است كه از گوشه هاى سخن خداوند آشکار شده و هدف اصلى نبوده؛ زيرا قرآن كتاب هدايت است و هدف اصلى آن جهت بخشيدن به زندگى انسان و آموختن راه سعادت است. اما برخی، قرآن را علاوه بر يك كتاب تشريعى، كتاب علمى نيز می دانند، و نکته دیگر اینکه، آيا قرآن در هنگام تحدّي، به این اشارات علمی نیز نظر داشته است؟ برخى معتقدند، اين گونه اشارات علمى دليل بر اعجاز می باشد؛ زیرا چنين سخنی در آن روزگار، جز از پروردگار جهان امكان صدور نداشته، لذا مسئله اعجاز علمى قرآن مطرح گرديده است!