طبق نظر اکثر فقهای شیعه نماز جمعه در عصر غیبت «واجب تعیینی» نبوده بلکه «واجب تخییری» است؛ یعنی هر مکلفی مخیر و مختار است که یا نماز ظهر را بخواند یا نماز جمعه را؛ البته در زمان ما اولویت با نماز جمعه است.
ضمن اینکه در دوران حاضر بعضی از مراجع تقلید که خود در دوران جوانی پیش قدم اقامه نماز جمعه ها بوده اند، به دلیل اینکه غالباً سالخورده هستند در آن شرکت نمی کنند و گاهی شرکت آنها سبب عسر و حرج شخصی و امنیتی می شود.

شیعیان معتقدند در زمان حضور امام معصوم یا با وجود نائب خاص امام، نماز جمعه واجب است. امّا حکم نمازجمعه در زمان غیبت امام معصوم اختلافی است. برخی از فقهای شیعه، حکم به «وجوب تعیینی» این نماز در زمان غیبت امام معصوم داده اند. برخی دیگر از فقهای شیعه هر گونه اقامه نماز جمعه را در زمان غیبت «حرام» اعلام کردند. بنابر نظر سوّم (واجب تخییری)، اقامه نماز جمعه در زمان غیبت امری مشروع است؛ ولی مکلفین می توانند بین به جا آوردن این نماز یا نماز ظهر، یکی را انتخاب کنند؛ این نظر به عنوان نظر رایج بین اکثریت فقهای شیعه شناخته می شود.
با توجه به نظر اکثریت علما و فقهای شیعه که اقامه چنین نمازی را در این زمان از باب «واجب تخییری»، امری مشروع اعلام کردند، می بینیم که در طول تاریخ و هر زمان که شرایط فراهم بوده است، در همه شهرها و اجتماعات شیعی، نماز جمعه اقامه شده است. شواهد و اسناد قاطع تاریخی نشان می دهد ادعای مهجوریت نماز جمعه در میان شیعیان تا چه اندازه ادعایی غیر منصفانه و دور از واقع است.
در دوران جمهوری اسلامی بعضی از مراجع تقلید - در دورانی که جوانتر بودند - پیش قدم اقامه نماز جمعه ها بوده اند. امّا اموری چون کسالت جسمی و کهولت سن اکثریت این علمای جلیل القدر باعث می شود که به مرور  در نماز جمعه شرکت نکنند. اضافه بر این، گاه شرکت آنها نیاز به مراقبت های ویژه امنیتی دارد، که سبب عسر و حرج می شود. با این وجود گاهی در نماز جمعه شرکت می کنند.