علمای شیعه سه نظر درباره کتاب «اسرار آل محمد» دارند:
1. برخی علما همه مطالب آن را صحیح دانسته و کتاب را به عنوان یکی از اصول اساسی شیعه معرفی می کنند.
2. در مقابل برخی دیگر از علما اصل نوشته شدن کتابی توسط سلیم را زیر سوال می برند و تمامی مطالب کتاب منسوب به وی را جعلی می دانند.
3. گروه سومی از علما نیز اصل کتاب را به صورت کلی «مجعول» نمی دانند؛ اما معتقدند این کتاب چه در مطالب نقل شده و چه در سندش خالی از اشکال نیست و احادیث آن باید بررسی مفصلی در سند و دلالت شوند.

حافظ حموینى در«فرائد السمطین» به سندش از سلیم بن قیس نقل کرده که گفت: على(ع) را در مسجد رسول خدا(ص) در زمان خلافت عثمان دیدم که به این حدیث استدلال نمود.