امام حسن مجتبی(ع) درباره امامت و خلافت نكاتي را به برادرش «محمد بن حنفيه» گوشزد نمود. ايشان فرمود: «بعد از من امام حسين(ع) به مقام امامت مي رسد و اين مقام، مخصوص آن حضرت است و قابل ارث نيست كه از پدر به فرزند به ارث برسد؛ بلكه موهبتي است الهي. مبادا در اين كار طمع كني و بگويي من هم فرزند علي(ع) و برادر حسن(ع) هستم پس من هم شايسته مقام امامتم». پس از اين سخنان و بيان اعتقادش درباره امام حسين(ع)، روشن شد كه ديگر محمد بن حنفيه ادعاي امامت ندارد.

او از فرزندان شجاع على(ع) است. که در جنگ جمل پرچم دار سپاه بود. وی نسبت به فرزندان حضرت فاطمه(س) بسیار متواضع بود. در واقعه کربلا امام حسین(ع) او را وصى خود در مدینه قرارداد و وصیتنامه خود را به او سپرد. وی هرگز ادّعاى امامت نکرد بلکه دیگران چنین نسبت هایى به او داده اند. او در سال 81 هجرى در سنّ 65 سالگى دار فانى را وداع گفت.

محمد حنفیه با اجازه امام حسین(علیه السلام)، به جهت پشتیبانی از ایشان در این قیام و رساندن اخبار مدینه به امام(ع)، در مدینه ماند.