اولا: ختنه از ابتلای نوزادان و شیرخواران به عفونت های دستگاه ادراری و عوارض مهلک آن که می تواند در دراز مدت باعث ازبین رفتن بافت کلیوی و نهایتاً نارسایی کلیه گردد جلوگیری می کند. همچنین اثرات ثابت شده ای در کاهش ابتلا به ایدز و سرطان آلت تناسلی و سرطان پروستات دارد. تحمّل درد موقت برای سلامت و ثمرات طولانی مدّت، دردناک و ظالمانه نیست.
ثانیا: پوسته جدا شده از آلت نوزاد در دوران جنینی و در آن شرایط زمانی و مکانی خاص، کارکردهای مفیدی برای بدن آسیب پذیر جنین دارد؛ لذا نه در آفرینش چیزی زیادی بود و نه در ادامه حیات ضرورت دارد.

ختنه از تشکیل عفونت بین غشا و سر آلت تناسلی پیش گیری می کند. آمار نشان می دهد که سرطان آلت، در کسانی که ختنه نشده اند بیشتر است.