گاهی اشکال می شود جهادی که فرآیند آن، اجبار در پذیرش اسلام است، با آزادی عقیده منافات دارد؛ اما حقیقت آن است که جهاد به جهت دفاع از انسان و آزادی عقیده تشریع شده، و هرگز مطلوبیت ذاتی ندارد، مگر آن که در راه خدا باشد. از این رو پیامبر(ص) می فرماید: «اگر یاد خدا نبود هرگز امر به جهاد نمی شد». همچنین قرآن می فرماید: «در راه خدا، با کسانی که با شما می جنگند، نبرد کنید». در واقع فلسفه جهاد رفع ظلم و دفاع از انسان و آزادی عقیده است.