هارون در ابتداي حكومت خود نسبت به امام كاظم(ع) سختگیری چنداني نشان نمی داد؛ ولی به مرور زمان، حضرت را تحت فشار قرار داد تا جائي كه امام(ع) را دو بار به زندان انداخت و در مرتبه دوم چهار سال طول كشيد. هارون از اين كه شیعیان به امامت امام كاظم(ع) اعتقاد داشتند هراس داشت و سعايت برخی از نزدیکان امام(ع) نزد او و كينه شخصی «یحیی بن خالد برمکی» نسبت به امام(ع) همه دست به دست هم دادند تا هارون دستور قتل امام كاظم(ع) را در زندان صادر كرد.