دولت فاطمیان که حدود دویست و پنجاه سال (297-567 هـ ق) بر سراسر شمال آفریقا حکومت کردند، مهمترین بخش از تاریخ اسماعیلیان است. یکى از ماندگارترین آثار تمدن فاطمیان شهر قاهره و دانشگاه الازهر است. این دولت در طول دویست سال با عباسیان، آل بویه و سلجوقیان در تعارض و جنگ بود و در اواخر نیز با صلیبیان مسیحى روبرو گردید. آنها در این دوره اعتقادات خود را نظم بخشیده و دانشمندان بسیارى را پرورش دادند و از اباحه گری دست برداشته و به ظاهر سنن اسلامى مثل باطن اهمیت دادند.