ملامحمد قزوینی که از بزرگان علمای قزوین بود، پس از مباحثه با شیخ احمد احسائی، حکم به تکفیرش داد و این حکم به قدری برای شیخیان گران بود که قتل او را واجب دانستند. دختر ملا محمد صالح (برادر شهید ثالث)، که بعدها به فرقه بابیه گروید، زمینه از  بین بردن بزرگترین مانع بابیه در قزوین را به دست میرزا صالح قرتیه تدارک دید. او در سال 1264 ه. ش با عده ای قداره کش، به مرحوم ملا که در محراب نماز بود حمله کرده و به بدترین وضعی، آن پیر مرد عابد را کشتند.

بهائیان اصرار دارند ثابت کنند سیدعلی محمد باب بی سواد بود تا بدین ترتیب بتوانند سخنان او را وحی و معجزه الهی بدانند؛ اما در خود کتاب «البیان» و در موارد متعددی از کتابهای بهائیان و در خلال روایت زندگی نامه سیدعلی محمد، به مکتب رفتن او اشاره هایی شده است. همچنین گزارش های تاریخی از تحصیل او در کربلا نزد سید کاظم رشتی نیز خبر می دهد.