برخی از مشکلات «تفسیر موضوعی» عبارت اند از: 1- اکتفا کردن به آیاتی که در معجم های قرآنی ذیل عناوینی خاص ذکر شده و غفلت از آیاتی که آن موضوعات بدون الفاظ و واژه های مترادف آن موضوع، در آن ها مورد اشاره قرار گرفته است. 2- فقدان دقّت و ظرافت و ذوق و آگاهی لازم برای جمع بندی و نتیجه گیری از آیات هم موضوع. 3- بی شمار بودن موضوعات طرح شده در قرآن.