تبعیض در تقلید به این معنی که در برخی از مسائل از یک مجتهد و در مسائل دیگر از مجتهد دیگری تقلید شود، چند صورت دارد.
اگر یک مجتهد در یک باب و دیگری در باب دیگری اعلم باشد احتیاط در این است که در هر باب از مجتهد اعلم در آن باب تقلید شود.
اما اگر دو مجتهد در همه ابواب مساوی باشند، تبعیض در تقلید جایز است ولى در یک عمل باید از يك نفر تقليد كرد تا در بعضى از موارد اشکال به وجود نیاید.
قائلین به جواز تبعیض در تقلید، سیره عقلاء و ادله حجیت فتوا و جواز تقلید را شامل مبحث تبعیض در تقلید دانسته اند.