گستردگی اصحاب امام صادق(ع) و وسعت جریان تشیع، علاوه بر ايجاد ناهماهنگی ها و اختلافات؛ امکان مراجعه شخصی همه آنان را به امام(ع) غیر ممکن ساخته بود. جریان زیدیه و تمايلات پاره‌ای از شیعیان به حکومت تازه پا گرفته عباسیان از ديگر عوامل این تفرقه بود. عده ای هم ميان زیدی ها و مذهب جعفری مردد بودند و پاره ای از علمای دربار مهدی عباسی نيز به اختلافات دامن می زدند. در عین حال در میان اصحاب امام صادق(ع) افرادی بودند که از شیعيان واقعی آن حضرت به حساب آمده و در حفظ آثار علمی و روایی ايشان می كوشيدند.

دوران امامت امام باقر(ع) مصادف با ادامه فشارهای خلفای بنی امیه و حکام آنها بر شیعیان عراق بود؛ زیرا عراق مرکز اصلی شیعیان بود. اين فشارها جز در دو سال حكومت «عمر بن عبدالعزيز» به شدّت ادامه داشت. امام باقر(ع) با وجود اظهار علاقه شديد كوفيان به قیام، نسبت به اعتقاد و استواری شان اعتماد چندانی نداشت. از طرفی امام مجبور به رعایت تقیه بود، لکن بسیاری از شیعیان عراق در اثر فشار و اختناق موجود، انتظار داشتند که امام به عراق آمده و دست به شمشیر ببرد. در اين وضعيت، عده ای جذب «زيد بن علی» شدند كه دست به قيام زده بود.