از مسائل کلامی مطرح در زمان امام هادی(ع)، بحث «تشبیه» و «تنزیه» خدا بود كه ايشان بر حقانیت «تنزیه» تأکید کردند و تلاش نمودند تا شيعه را از اين تهمت برهانند. ايشان فرمودند: «از ما نیستند کسانی که گمان ‌كنند خدا جسم است و ما در دنیا و آخرت از آنها بیزاریم. جسم، خود مخلوق است و خالق آن خداست و اوست که به آن جسمیت بخشیده است». مسئله ديگر «رؤیت خدا در قیامت» بود كه امام(ع) آن را محال دانستند. در مسأله «جبر و اختیار» نیز امام هادی(ع) در رساله ای به شرح حدیث «لاجبر و لاتفویض بل امر بین الامرین» پرداختند.

به چند دليل در علم كلام از «رجعت» بحث مي شود؛ «رجعت» از امور اعتقادى است و با مسئله امامت ارتباط دارد و از علائم قيامت و مربوط به معاد است و زمينه ساز اعتقاد به معاد است و به مسئله ثواب و عقاب نيز مربوط مي شود.