در تحریف معنوی، الفاظ متن مقدس تغییری نمی کند ولی مفسرین، برای انطباق آن بر مقاصد خویش، معانی بی اساس به آن منتسب می کنند. در آیات قرآن به این کار مفسرین یهودی و مسیحی اشاره شده، مثلا آیاتی که یهودیان را به خاطر تحریف کتاب مقدس خود نکوهش می کند. قرآن در جایی دیگر یهودیان را به خاطر تحریف کلمات و فراموش کردن اندرزهای کتاب مقدس، ملامت می کند. همچنین یهودیان به خاطر تفسیر نابجا و عدم توجه به فرازهایی از کتاب مقدس که منجر به کتمان نبوت پیامبر(ص) می شود نیز مورد نکوهش قرآن قرار گرفته اند.