بالرغم من وجود کل هذه الامتیازات ونقاط القوة فی الحوزة العلمیة، ولکن مع الأسف هناک بعض النواقص ونقاط الضعف فیها حیث کنت أراها وأعیشها منذ البدایة، ومنها مسألة الامتحانات حیث لم یکن هناک امتحان للطلاّب مطلقاً وکنّا نأمل إیجاد امتحانات للدروس الحوزویة وبذلک یتمّ التعرف على الطلاّب الجیدین والمتمیزین، ویتمّ تقویة الدوافع لدى الطلاّب وتفعیل میدان المنافسة الإیجابیة بینهم.
وکذلک کنّا نأمل أن یکون هنا قانون ومقررات لمسألة لباس رجل الدین، فهذا اللباس المقدّس لا ینبغی أن یستغل من أی شخص أو یتمّ ارتداؤه بدون شروط. فلو رأینا ما یخالف هذا القانون فینبغی على مدیریة الحوزة والمراجع تعقیب هذا الأمر وعدم المسامحة فیه.
وکنّا نأمل بإصلاح الکتب الدراسیة فی الحوزة وإدخال بعض الدروس الإسلامیة المهمّة کالعقائد وتفسیر القرآن الکریم والبحوث المتعلقة بالحدیث فی مناهج الحوزة وتفعیلها.
وکنّا نأمل فیما یخص المبلّغین أن یتّم إرسال أشخاص متمرسین وأصحاب تجربة إلى التبلیغ للإسلام ویرسل للتبلیغ إلى خارج البلاد من یتقن اللغات الأجنبیة.
وکنّا نأمل أن تحلّ مشاکل الطلاّب على مستوى السکن والجهات الاُخرى، وفی المجموع کنّا نأمل وضع برنامج کامل یأخذ بنظر الاعتبار الجهات المختلفة لطلاّب الحوزة العلمیة.
لقد شعر القائمون على اُمور الحوزة بعد رحیل آیة الله العظمى البروجردی(قدس سره) وما رافق ذلک من تحولات وبرامج کثیرة، وکانت هذه البرامج الإصلاحیة تستوعب جهات مختلفة: منها، إصلاح وتکمیل الکتب الدراسیة غیر کتب الفقه والاُصول، حذف المباحث الزائدة فی الفقه والاُصول، الاهتمام بالمسائل المستحدثة، الاهتمام بالمذاهب المنحرفة والمجعولة والموضوعة ومباحث اُخرى، حیث رأینا أنّ الاهتمام بهذه المواضیع یزداد یوماً بعد آخر حتى بدایة الثورة الإسلامیة حیث أثمرت الجهود بحمد الله وکان الإمام الراحل(قدس سره) من المؤیّدین لهذه البرامج الإصلاحیة وقد اقترح تأسیس شورى مدیریة الحوزة وأوصى بتشکیلها، وقد بعث من جانبه ثلاثة أشخاص لهذا  الشأن وثلاثة أشخاص من قبل آیة الله العظمى الکلبایکانی، وثلاثة أشخاص من مجمع المدرسین، فبلغ عددهم مجموعاً تسعة أشخاص من فضلاء وأساطین الحوزة العلمیة، حیث تقبلوا هذه المسؤولیة وشرعوا باصلاح الوضع فی جوانب مختلفة، وقد رأینا بحمد الله معالم التوفیق لهذه الشورى المحترمة.
وعندما انتهت مهمتهم اقترح علیَّ الإخوة فی مجمع المدرسین قبول هذه المسؤولیة وقد وافقت على هذا الطلب لأسباب متعددة کما اتّضح فیما سبق (أی أننی کنت راغباً جدّاً فی إیجاد تحول وإصلاح فی الحوزة العلمیة مضافاً أنّ بعض الأصدقاء اشترطوا لدخولهم فی هذه الشورى مشارکتی فیها وقبولی لهذه المسؤولیة)، ولکننی کنت متردداً فیما إذا کانت هذه المسؤولیة الجدیدة تتوافق وتنسجم مع أعمالی الکثیرة الفعلیة أم لا؟ فاستخرت الله تعالى فی الحرم المقدّس للإمام الرضا(علیه السلام)وکنت فی عداد خدّامه الإفتخاریین طبق المقررات المعمول بها لدى مدیریة الحرم الشریف فخرجت الآیة الشریفة: (فَلَمَّا جَاوَزَا قَالَ لِفَتَاهُ اتِنَا غَدَآءَنَا لَقَدْ لَقِینَا مِن سَفَرِنَا هَـذَا نَصَباً)(1)، فعلمت أنّ هذا الأمر تتخلله صعوبات کبیرة ولکنه یتضمن أیضاً ماء الحیاة وفقاً لما ورد فی شأن هذه الآیة الشریفة، وعلى أیّة حال فقد وافقت على طلبهم واستلمت منصب مدیر هذه الشورى فی الدورة الثانیة والثالثة وبحمد الله توفقنا إلى أداء خدمات کثیرة.
ومن جملة الأعمال المهمّة التی استطعنا تقدیمها فی تلک الفترة مسألة تنظیم النظام الداخلی والقانون الأساسی لشورى الحوزة العلمیة وقد تمّ إمضاؤها من قِبل آیة الله العظمى الکلبایکانی وآیة الله العظمى الأراکی(رحمهما الله) وقد أقرّها سماحة السید القائد، وتقرر أن یوافق علیها سائر الأعاظم فی الحوزة العلمیة فی قم حیث أنّها تمثل دعامة قویة من جهة حقوقیة وقانونیة للحوزة العلمیة فلا تکون أموال الحوزة باسم أشخاص معینین بل باسم شخصیة حقوقیة فقط، ومن هذا الطریق فإنّ الأموال التی ترد إلى الحوزة فی الحال الحاضر وفی المستقبل ستکون محفوظة ومصونة من التلاعب، ولا أنسى أنّی قمت بزیارة المرحوم آیة الله العظمى الکلبایکانی(قدس سره) فی أواخر عمره وتحدثنا عن مسائل الحوزة العلمیة فرأیته یبکی ویتحرق على مستقبل الحوزة، وأکد کثیراً بقاء استقلال الحوزة العلمیة (وهذا المعنى قد أکد علیه جمیع الأعاظم منهم الإمام الراحل(قدس سره)) فقلت له: اطمئنوا إلى ذلک فاننا کأبنائکم نسعى بجدیة إلى حفظ هذا الاستقلال وخاصة مع عدم وجود من یخالف فی الوقت الحاضر، والحمد الله، وستکون الحالة کذلک فی المستقبل بإذن الله.

1. سورة الکهف، الآیة 62.