تبعید به انارک نائین
در همین حال کمیسیون حفظ امنیت اجتماعی شهرستان قم در ساعت 1100 روز27 اردیبهشت 1357 بنا به دعوت فرماندار قم تشکیل جلسه داد و محل تبعید آیت‌الله ناصر مکارم شیرازی به بخش انارکِ شهرستان نایین تغییر داد و او در 9 خرداد 1357 وارد بخش انارک شد.
آیت‌الله مکارم شیرازی حتی در دوران تبعید نیز زیر نظر ساواک بود؛ بطوری ‌که ساواک در 30 خرداد 1357 اسامی وعاظ ممنوع‌المنبر از جمله آیت‌الله مکارم شیرازی را به تمام شعب ساواک ارسال کرد.
آیت‌الله مکارم شیرازی درباره سومین تبعیدگاه خود انارک نایین می‌گوید: «یک روز رئیس اطلاعات شهربانى مهاباد به منزل آمد که نامه‌اى از قم آمده مثل این که مشکل کار پایان یافته، و باید به شهربانى بیایید. اما در شهربانى گفتند: شما باید هم الان به سوى انارک نایین حرکت کنید. حتى حق بازگشت به منزل و روشن ساختن وضع همسر و فرزند را هم ندارید ـ در مهاباد خانواده نزد ما بودند ـ تا خواستم مفاد اعلامیه جهانى حقوق بشر را یادآور شوم، دو مامور مسلح با دو قبضه مسلسل را در برابر خود دیدم، و آن قدر فشنگ به کمرشان بسته بودند که کمربندشان از سنگینى مى‌خواست پاره شود، نفهمیدم براى جنگ با لشکر سلم و تور آماده شده بودند یا براى بدرقه یک نفر تبعیدى که حتى چاقوى قلمتراش در جیب نداشت! گفتند: ماشین آماده است؛ بفرمایید...
بیست ساعت بدون توقف و استراحت در راه بودیم که به نایین رسیدیم و از آنجا با یک ماشین ژاندارمرى با سه مامور یکى مسلسل به دست و دو نفر دیگر با تفنگ، به شهرک انارک در 75 کیلومترى نایین رسیدیم. [...] در اطراف این شهر محروم، معادن گرانبها از جمله معدن طلا و حتى اورانیوم نیز وجود دارد، ولى هرگز سهمى از آنها به مردم نمى‌رسد، و از همه مهم‌تر در سی کیلومترى شهر (وسط جاده انارک نایین) یک پایگاه عظیم نیروى هوایى در کنار جاده قرار گرفته که موشک‌هاى نیرومند زمین به هوا دور تا دور آن را محاصره کرده بود و با هزینه هنگفتى اداره مى‌شد؛ و تنها آبادى وسط راه همین است و بس!
دلخوشى ما در آن شهر علاوه بر محبت مردم، و دوستان فراوانى که از اصفهان و یزد و نایین و کاشان و سایر نقاط به دیدن مى‌آمدند این بود که آیت‌اللّه پسندیده برادر ارجمند و محترم امام خمینى، و چند نفر دیگر از دوستان در آنجا تبعید بودند، آنها را قبلاً به عنوان تبعید به آنجا آورده بودند و از مصاحبت ایشان لذت مى‌بردیم.»
آیت‌الله مکارم شیرازی در تبعید نیز از فعالیت سیاسی غافل نبود. او به همراه ده‌ها نفر از استادان حوزه علمیه قم در تیرماه 1357 در اعلامیه‌ای به مناسبت نیمه شعبان 1398 خطاب به«ملت مسلمان و آگاه ایران» با اشاره به حوادث جاری کشور نوشتند: «باید به جای برگزاری جشن‌های پرشکوه، مصایب سنگینی را که به دست این رژیم جنایتکار بر اسلام و مسلمانان وارد شده، به حضرت ولی عصر (عج) تسلیت گفت.»
در همین حال برخی روحانیون در تلاش برای آزادی تبعیدیها بودند. آیت‌‌الله سیدعبدالله شیرازی از آیات مقیم نجف اشرف بود، بعد از فشارهایی که دولت بعثی عراق به علت اعتراضات این روحانی بزرگ به حکومت بعثی عراق، بر او وارد نمود، از این کشور خارج و به ایران آمد و در مشهد مقیم شد. آیت‌‌الله سیدعبدالله شیرازی از شاه خواست که چند تن از روحانیون از جمله آیت‌الله مکارم شیرازی که به علل مختلف از محلهای سکونت خود به نقاط دیگر تبعید شده‌ بودند، آزاد شوند.
آیت‌الله مکارم شیرازی نیز در 31 تیر 1357 به همراه چهار روحانی تبعیدی دیگر در نامه‌ای به آیت‌الله سیدمحمدرضا گلپایگانی نوشت: «حدود پنجاه روحانی بدون مجوز شرعی و حتی بدون رعایت موازین قانونی و بدون تشکیل دادگاه و فقط به دستور کمیسیون امنیت اجتماعی که مدعی و قاضی و مجری در آن یکی است، در تبعیدگاه‌ها به سر می‌برند که بعضاً سخت، بد آب و هوا و فاقد وسایل اولیه زندگی است.»
این روحانیان تبعیدی در این نامه از آیت‌الله سیدمحمدرضا گلپایگانی خواستند که به آنها اجازه دهد به قم بازگردند. آیت‌الله سیدمحمدرضا گلپایگانی در 6 مرداد 1357 در نامه‌ای خطاب به آیت‌الله مکارم شیرازی در پاسخ، با اشاره با اوضاع کشور نوشت: «بدون جهت با اختیار، تسلیم ستمکار شدن مجوز شرعی ندارد.»!
در همین حال در 3 مرداد 1357 رئیس ساواک اراک به خمین رفت و با آیت‌الله سیدمرتضی پسندیده گفت‌وگو کرد. در این دیدار آیت‌الله پسندیده پیشنهاد عفو سه نفر از روحانیون تبعیدی به نقاط مختلف کشور به اسامی ناصر مکارم شیرازی، هادی خسروشاهی، و اسدالله مدنی را مطرح کرد.