آزادی از زندان و از سرگیری مبارزه
سرانجام آیت‌الله مکارم شیرازی پس از 45 روز زندانی کشیدن، به همراه آقایان فلسفی و اسلامی از زندان آزاد شد.
آزادی آیت‌الله مکارم‌شیرازی از زندان چندان دوام نیافت. او در این ‌باره می‌گوید: «پس از آزادی از زندان در تهران، جهت دیدن بستگان خود به شیراز رفتم. در آن موقع، در شیراز حکومت نظامی برقرار بود و هنگام رسیدن به دروازه شهر، اثاثیه مرا بازرسی کردند و چند اعلامیه انقلابی که خیلی هم تند و کوبنده بود و خودم آنها را نوشته، ولی امضا نکرده بودم، در وسایلم پیدا کردند؛ از این رو مرا در آنجا بازداشت و سپس به زندان شیراز و بعد به زندان معروف کریم‌خان فرستادند و در یک بخش نسبتاً محترمانه زندانی کردند؛ لکن مدتش کم بود و با وساطت مراجع آزاد شدم.»
آیت‌الله مکارم‌شیرازی پس از آزادی مجدد از زندان، به مبارزه خود علیه رژیم پهلوی در عرصه‌های مختلف ادامه داد و با امضای اعلامیه‌ها با نهضت امام خمینی همراهی کرد. او در اسفند ماه 1342 به همراه گروهی از علمای قم در تلگرامی به حسنعلی منصور، نخست وزیر وقت، به «کشتارها و شکنجه‌های قرون وسطایی و سلب آزادی بیان و قلم» اعتراض کرد. در بخشی از این تلگرام آمده است: ملت مسلمان ایران، به‌خصوص جامعه روحانیت، دیگر تاب تحمل زندانی بودن مرجع عالیقدر حضرت آیت‌الله‌العظمی خمینی و آیت‌الله قمی و حجت‌الاسلام طالقانی را ندارد و با بی‌صبری هرچه تمام‌تر منتظر خلاصی ایشان هستند.» یک ماه بعد در فروردین1343 امام خمینی از حصر آزاد شدند و به قم بازگشتند.
آیت‌الله ربانی شیرازی جلسات هفتگی سخنرانی فضلای شیرازی حوزه علمیه قم را برپا کرد. در این جلسات، آقایان مکارم شیرازی، شب‌زنده‌دار و... به طور مستقیم و غیرمستقیم درباره مبارزه سخنرانی می‌کردند.
در 30 فروردین1343 آیات عظام خمینی، شریعتمداری و مرعشی نجفی تصمیم گرفتند برای هر شهری که دارای طلبه است، سرپرستی تعیین کنند. آنان برای شیراز آیت‌الله مکارم شیرازی را برگزیدند. آیت‌الله مکارم شیرازی در انتقال اعلامیه‌های علما به شیراز نیز فعال بود. در این جلسه امام خمینی به آیت‌الله مکارم گفت که ساواک قم کثیف‌ترین ساواک کشور است؛ خصوصاً رئیس آن، (حسن بدیعی) که بویی از مسلمانی نبرده است.
در اوایل محرم 1384 قمری (1343شمسی) با توجه به حساسیت آبادان، آیت‌الله مکارم شیرازی به همراه آقایان سیدحسن طاهری خرم‌آبادی، محمدجواد مفتح و جعفر سبحانی به آنجا رفتند و در انتقاد از رژیم پهلوی و تجلیل از امام خمینی سخنرانی کردند.