در جریان حوادث عاشوراى 1388 که عدّه اى اغتشاشگر به خیابان ها ریختند و به عاشوراى حسینى، انقلاب اسلامى و ولایت فقیه توهین کردند، جوان دانشجوى فریب خورده اى به اعدام محکوم شد. سایت هاى ضدّ انقلاب شایعه کردند که این حکم بر اساس فتواى حضرت آیت الله العظمى مکارم شیرازى صادر شده است; در حالى که چنین نبود و در این گونه مسائل خلأ قانونى وجود ندارد که از فتواى مراجع مشهور استفاده شود. تکذیب این خبر ظرافت ویژه اى مى خواست، مشکلات مخصوص خود را داشت و بى زحمت نبود. پس از این که این داستان تکذیب شد و فروکش کرد، آقا فرمود:
«درباره این مسأله فکر کردم، احتمال دادم این مشکل، مجازات اعمال خودم باشد. چون خبرى را نقل کردم که یقینى نبود، هرچند با استناد به منبعش و به صورت غیرقطعى نقل شده بود. در آینده نباید تکرار شود!».